Daha önce iki kez grup aşamasında yer alan sarı-lacivertli takım 2006-2007 sezonunda grubunu 4. sırada, 2009-2010 sezonunda ise ilk sırada tamamladı.
Sarı-lacivertli ekibin kupadaki en iyi derecesi, 2004-2005, 2006-2007 ve 2009-2010 sezonlarında son 32 takım arasına kalmak oldu.
2004-2005 sezonunda UEFA Şampiyonlar Ligi'nde 1. turdaki grupta 3. sırada yer alıp yoluna UEFA'da devam eden sarı-lacivertliler, 3. turda (32'ler turu) kupaya veda etti. Bu turda İspanya'nın Real Zaragoza takımıyla eşleşen Fenerbahçe, İstanbul'da 1-0 yenildiği rakibine deplasmanda da 2-1 mağlup olunca, kupadan elendi.
2006-2007 sezonu
2006-2007 sezonunda Avrupa arenasında UEFA Şampiyonlar Ligi 3. eleme turunu geçemeyen sarı-lacivertliler yoluna UEFA'da devam ederken, grup aşamasında da ilk kez bu sezon yer aldı.
Kupanın ikinci tur mücadelesinde (H) Grubu'nda yer alan Fenerbahçe, gruptaki 4 maçta 1'er galibiyet ve beraberlik ile 2 yenilgi alıp 4 puanla 3. tura yükseldi. Üçüncü turda Hollanda'nın AZ Alkmaar takımı ile eşleşen sarı-lacivertliler 3-3 ve 2-2'lik skorlarla kupaya veda etmişti.
Fenerbahçe'nin yanı sıra Newcastle United, Celta Vigo, Palermo ve Eintracht Frankfurt'un yer aldığı (H) Grubu'nda oluşan puan durumu şöyle:
Takımlar O G B M A Y P
---------------------------------------------------
1. Newcastle United 4 3 1 0 4 1 10
2. Celta Vigo 4 1 2 1 4 4 5
3. Fenerbahçe 4 1 1 2 5 4 4
4. Palermo 4 1 1 2 3 6 4
5. Eintracht Frankfurt 4 0 3 1 4 5 3
2009-2010 sezonu
2009-2010 sezonunda Avrupa mücadelesine UEFA Avrupa Ligi 3. eleme turundan başlayan Fenerbahçe, 32'ler turunda yine kupaya veda etti.
(H) Grubu'nda yer alan Fenerbahçe, Hollanda'nın Twente takımına karşı İstanbul'daki ilk maçı 2-1 kaybettikten sonra, üst üste diğer 5 maçını kazanarak 15 puanla grubu birinci tamamladı. Son 32 takım arasına kalan Fenerbahçe, Fransa'nın Lille takımı karşısında 2-1'lik yenilgi ve 1-1'lik beraberlikle kupadan elendi.
Fenerbahçe'nin yanı sıra Twente, Sheriff ve Steaua Bükreş takımlarının yer aldığı (H) Grubu'ndaki puan durumu şöyle:
Takımlar O G B M A Y P
-----------------------------------------------
1. Fenerbahçe 6 5 0 1 8 3 15
2. Twente 6 2 2 2 5 6 8
3. Sheriff 6 1 2 3 4 5 5
4. Steaua Bükreş 6 0 4 2 3 6 4
UEFA'da 69. maçına çıkacak
Bu sezonla birlikte 20. kez UEFA Kupası ve UEFA Avrupa Ligi organizasyonunda yer alan Fenerbahçe, bugüne dek bu kulvarda çıktığı 68 maçta 25 galibiyet elde ederken, 29 maçta kaybetti, 14 kez de berabere kaldı.
UEFA kulvarında rakip filelere 93 gol atan ''Sarı Kanaryalar'' kalesinde 103 gol gördü. Sarı-lacivertliler, bu sezonun yanı sıra 1971-1972, 1972-1973, 1973-1974, 1976-1977, 1977-1978, 1980-1981, 1984-1985, 1990-1991, 1992-1993, 1994-1995, 1995-1996, 1997-1998, 1998-1999, 1999-2000, 2002-2003, 2004-2005, 2006-2007, 2009-2010 ve 2010-2011 sezonlarında UEFA Kupası veya sonradan değişen adıyla UEFA Avrupa Ligi organizasyonlarında yer aldı.
Fenerbahçe'nin UEFA Avrupa Ligi'nde yaptığı maçlarda aldığı sonuçların tablosu şöyle:
Organizasyon O G B M A Y
--------------------------------------------
UEFA Kupası 54 18 10 26 72 91
UEFA Avrupa Ligi 14 7 4 3 21 12
--------------------------------------------
Toplam 68 25 14 29 93 103
