Emir Ortakaya, 22 Haziran 2004 tarihinde Ankara'da dünyaya geldi. Futbola Gençlerbirliği altyapısında başlangıç yapan 17 yaşındaki stoper, önceki sezon A takım kadrosuna dahil edildi. Gelecek vadeden başarılı ve genç oyuncu, Ziraat Türkiye Kupası'nda Gençlerbirliği'nin 5. Tur maçında Tuzlaspor'a 2-0 kaybettiği maçta 16 dakika süre aldı. Ortakaya, U19 Süper Lig'de ise 14 maçta 1 gol kaydetti.
Sağ ve sol toperde oynayabilen Emir Ortakaya için Fenerbahçe Barış Alıcı'yı Gençlerbirliği'ne yolladı. Genç stoper 2024 yılına kadar sarı lacivertli formayı giyecek.
